Casiodoro no había terminado de escribir su carta solicitando ayuda a los habitantes de la laguna Veneta, para transportar alimentos desde Istria a Ravenna, cuando Justiniano, el emperador del imperio Romano de Oriente, ya había iniciado la reconquista de Italia, para poner fin al reino Ostrogodo fundado por Teodorico en el 489 dc.
Poco o nada se sabe de que ocurrió o de cómo vivieron los habitantes del Veneto durante la primera campaña de la guerra contra los Gotos, llamada normalmente guerra Greco-Gotica, comandada por generalísimo Bizantino, quien invadió Italia en el 535 dc, ya que como se ve en el mapa, las principales acciones bélicas no interesaron esta zona.

En el año 552 dc , el eunuco Narsetes y su gran ejército cruzaron los alpes entrando en Italia por el actual Friuli, encontraron que los Gotos y sus aliados Francos les cerraban el paso bloqueando todas las rutas terrestres que unían Aquileia con Rávena. En ese momento no les quedo otra posibilidad que solicitar colaboración a los habitantes de la laguna Veneta para transportar el ejercito y posiblemente la flota imperial atravez de las lagunas y pantanos que los separaban de Ravenna.
Asi, la con la ayuda de los Venetos, Narsete en aproximadamente un año (553 dc) logró terminar la guerra. Esta fue una guerra larguísima y terrible que duró casi 20 años. Finalmente, apesar de que el imperio logró su objetivo de eliminar a los Gotos, haciendolo consumó las pocas fuerzas humanas que aún le quedaban y destruyó la economía Italia.
Cuando la guerra terminó Narsete asumió el gobierno de toda Italia esmerarandose en su reconstrucción. La tradición dice que Narsete, muy agradecido de los Venecianos y en reconocimiento por los servicios prestados, habría construido en las islas de Rialto, futuro núcleo del centro histórico Veneciano, las iglesias de San Teodoro y San Geminiano, ambas donde hoy se encuentra la plaza de San Marcos.

Un dia de primavera del año 568, apenas pocos meses después de que Narsete fue removido de su encargo como gobernador de Italia, el pueblo Longobardo guiado por su rey Alboino y acompañado de un gran número de Sasones y Eslavos provenientes de las llanuras de la Panomia, ingresó en Italia a travez del actual Fruili.
Esta fue una verdadera migración de masa, que no solo incluía guerreros, sino que todo el pueblo Longobardo, es decir hombres, mujeres, niños, ancianos y rebaños de animales. Algunos historiadores hablan de hasta cien mil personas.
La Italia que encontraron era una sombra de lo que esta fuera algún día, ya que todo país, pero sobre todo el norte de la península, habían sido devastados por los largos años de la Guerra Greco Gotica y por la peste. De este modo, llegaron a un territorio con una población mucho menor de la que había tenido sólo unos décadas atrás, pero sobre todo con escaza presencia de soldados del imperio que pudieran evitar sus movimientos.

Los Longobardos apenas llegaron al Friuli ocuparon Cividale, donde el Rey dejó a su sobrino para fundar el primer ducado Longobardo de Italia. Posteriormente siguiendo la Vía Postumia tomaron Aquileia, Concordia Sagittaria, Treviso, Vicenza y Verona. Tras una breve pausa invernal, reanudaron su avance, conquistaron Milán y Pavia, estableciendo su residencia en esta última.
Aparentemente, las pocas fuerzas militares de que disponían los bizantinos, sabiéndose en infinidad numérica se retiraron al sur del rio Po, con lo cual casi todas las ciudades al no tener ninguna posibilidad de resistir, se entregaron pacíficamente a los nuevos padrones.

Los Longobardos no llegaron a Italia para saquearla o destruirla como Atila, sino que en busca de un lugar mejor donde vivir. Sin duda ellos querían disfrutar de sus ciudades, de sus termas y de toda la infraestructura que aún quedaba del Imperio, por lo que se limitaron a ocuparla y repartirla entre ellos.
Mientras tanto, el obispo de Aquilea, Paolino, apenas supo de la inminente invasion, decidió buscar refugio en la isla de Grado, llevando las reliquias de los santos y todos los objetos de valor que se podían transportar. Con este acto, quizás sólo guiado por el miedo, él no solo se llevo los tesoros de la catedral y de la ciudad, sino que dió un ejemplo al resto de los ciudadanos, trasladando si querer el espiritu de la cultura Romano – Cristiana a la laguna Veneta. Esta comunidad con las donaciones y el trabajo de sus habitantes, solo en diez años construyó la bellisima basilica de Santa Eufemia que aún hoy en dia podemos admirar.


Con el paso de los años quedó claro a muchos habitantes del Veneto que ya no había lugar para ellos en su propia tierra, por lo que quien no se quizo someter a los nuevos jefes longobardos, tuvo que buscar refugio en los pantanos e islas que la laguna ofrecía.
Esta migración ocurrio lentamente, asi poco a poco, la población lagunar aumentó no solo en los asentamientos que ya existían antes de la migración Longobarda como: Grado, Torcello y Chioggia, sino que en diferentes lugares se fundaron nuevas comunidades: Equilo (Jesolo), Caorle, Malamocco, Albiola, Poveglia (una isla cerca del Lido que ya no existe), Bibione, y también en las islas que ahora forman Venecia, sobretodo en Olivolo, que despues de la reconstrucción de un fuerte posiblemente de origen romano, será llamada Castello.

Al rededor del año 584 se fundó el llamado Esarcado de Ravenna, del cuál Venezia hacia parte,con el fin de administrar los territorios que aún quedaban en poder del imperio Romano. El conflicto entre los longobardos y los territorios del esarcado se prolongó por decenios, pasando por períodos de guerra y otros de paz relativa, pero siempre con perdidas de territorio por parte del imperio.
En el Veneto algunas ciudades resistieron por más de 30 años. En el año 602 cayó la fortaleza de Monselice, en el 603 Padova y en el 615 fue el turno de Concordia. Asi poco a poco del Veneto quedó en poder del imperio solo una estrecha faja de tierra alrededor de la laguna y una pequeña lengua de tierra alrededor de la capital Oderzo, ciudad que a su vez fue saqueada por los Longobardos de Rotari en 641 y completamente destruida por su sucesor Grimoaldo en 667.

Como es lógico durante este período los pocos territorios que aún quedaban eran administrados por comandantes militares los que tubieron la dificil tarea de defencerse de los Longobardos y de orgnizar una población en crecimiento constante, pero con cada vez menos recuros.
Mientras tanto en la orilla de la laguna surgió una nueva ciudad llamada simplemente Cittanova, que después del año 628 fue conocida como Heraclia o eraclea, en honor al emperador bizantino Heraclio, que acababa de triunfar en Oriente contra Cosroe II de Persia, liberando Jerusalén y recuperando la reliquia de la Vera Cruz. En 638, el obispo Magnus transfirió definitivamente el obispado a la ciudad, estableciendo una nueva diócesis.
En esta ciudad que con el tiempo se había convertido en la más importante de la laguna, según la tradicion en el año 697, fue electo el primer dux o Doge Veneziano, el que es conocido actualmente como Paoluccio Anafesto.